考慮到上水庫庫底地形的情況、運行期間水流方向等因素，庫底土工膜鋪設計劃分為三個區，具體自底至上分別為：1.5m厚過度層、0.4m厚碎石墊層、0.05厚砂墊層、1800g/㎡三維複合排水網、1.5m厚HDPE土工膜、500g/㎡土工布、0.1m厚混凝土預製塊護麵。

土工膜施工時，周圍 作業麵多，在盡可能減少交叉作業的前提下，既考慮到施工作業的連續性，又能保證土工膜整體的施工工期，將施工分為四期，先施工一期，再二期，在斜坡以上的二期施工快結束前開始施工三期，施工四期。其中一期主要是指庫底高程以上的中間區域。

該工程土工膜防滲麵積大，縱、橫搭接形成的T型接頭多，此處為焊接質量較為薄弱的部位。對於這部分隻有選擇合適的參數和嚴格的質量控製措施進行加強處理，才能保障焊接質量，避免留下隱患。

庫底為不規則地形，土工膜防滲麵積達30萬平方米，需要進行合理的布置和分區順序施工，才能保證工程質量、減少工程投入、減少材料浪費、加快施工進度。庫底土工膜與庫周的混凝土麵板、排水廊道、庫底的進出水塔和交通橋等結構建築物的連接，隻有選擇正確的連接結構方式，才能保證連接結構的穩定性和連接處的防滲質量。